Tugas Pokok  : Melakukan penyelenggaraan konservasi sumber daya alam hayati dan ekosistemnya dan pengelolaan kawasan taman nasional berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Fungsi Balai Taman Nasional Aketajawe Lolobata  adalah :

1. Penataan zonasi, penyusunan rencana kegiatan, pemantauan  dan evaluasi pengelolaan kawasan taman nasional;
2. Pengelolaan kawasan taman nasional;
3. Penyidikan, perlindungan dan pengamanan kawasan taman nasional;
4. Pengendalian kebakaran hutan;
5. Promosi, informasi konservasi sumberdaya alam hayati dan ekosistemnya;
6. Pengembangan bina cinta alam serta penyuluhan konservasi sumberdaya  alam hayati dan ekosistemnya;
7. Kerjasama pengembangan konservasi  sumberdaya alam hayati dan ekosistemnya serta pengembangan kemitraan;
8. Pemberdayaan masyarakat sekitar kawasan taman nasional;
9. Pengembangan dan pemanfaatan jasa lingkungan dan pariwisata alam;
10. Pelaksanaan urusan tata usaha dan rumah tangga.